In una società in cui la personalità degli individui è definita da una complessa serie di calcoli, una figura enigmatica è decisa a rendere il mondo trasparente. Il folle obiettivo diventerà sempre più chiaro per l’ispettore Akane Tsunemori, mentre proseguono le indagini su un caso che potrebbe minacciare la giustizia del Sibyl System. Dopo una serie di attentati dinamitardi, Akane viene coinvolta nelle indagini per scoprire che il responsabile degli eventi riusciva ad agire senza intorbidire la propria tonalità. Messo alle strette rivelerà che è riuscito ad agire grazie a un individuo di nome Kamui, che gli ha ripulito la tonalità e che gli consente di agire con animo privo di paura dal Sibyl. Contemporaneamente proprio Kamui rapisce un investigatore dell’Unità 2 e scompare nel nulla. Akane si ritrova di fronte un uomo invisibile, perché non viene riconosciuto dal sistema. Questo lo rende un elemento pericoloso, in quanto può mettere gli altri nelle condizioni di agire indisturbate.