EPISODIUM
La storia inizia direttamente dopo la finale del torneo Holy Road svolto in Inazuma Eleven GO! Tenma Matsukaze, protagonista della serie, ritorna alla Raimon Junior High ma quella che si trova di fronte non è più la scuola che conosceva: tutto è cambiato e i suoi compagni non giocano più a calcio. Sarà un individuo di nome Alpha a spiegare a Tenma la situazione: si trovano ora in un mondo parallelo generato da un cambiamento nella storia. Alpha è inoltre il capitano della Protocol Omega, una squadra emissaria di un misterioso progetto messo in atto nel futuro per far sparire il calcio. Tenma dovrà quindi tornare indietro nel tempo per sventare la minaccia e per far questo utilizzerà il vecchio Camper Inazuma opportunamente modificato. Con lui ci saranno due nuovi compagni: Fei Ruun, un ragazzo del futuro, e un androide, Clark "Wandaba" Wandabatto, il quale è in possesso di una pistola che può trasferire le abilità di un giocatore su un altro.