L'Accademia militare dell'Impero di Barsburg è nota per l'addestramento di un esercito d'élite. Gli studenti dell'accademia utilizzano liberamente un'abilità chiamata "Zaiphon" per combattere, mentre i tipi di Zaiphon utilizzabili dipendono dalla natura del soldato. Teito Klein, uno studente dell'accademia, è uno dei soldati più promettenti. Senza ricordi del suo passato, fa amicizia con un compagno di studi chiamato Mikage. Mentre si prepara per l'esame finale, Teito scopre un oscuro segreto legato al suo passato. Quando un tentativo di assassinare Ayanami, un ufficiale di alto rango che ha ucciso suo padre, fallisce, Teito viene rinchiuso in attesa di punizione. Desiderando solo il meglio per Teito, Mikage lo aiuta a fuggire. Teito finisce alla 7th District Church dove viene accolto dai vescovi. È qui che Teito tenta di sfuggire alla presa di Ayanami e dei militari, così da poter riscoprire i suoi ricordi e scoprire perché è la persona che può cambiare il mondo.