La storia prende vita nella Tokyo del 2039, a cui fa da contorno un Giappone indebolito ed incapace di provvedere a se stesso dopo la tragedia esplosa la vigilia di Natale del 2029, da tutti ricordata come "Lost Christmas". Sono infatti passati dieci anni da quando l'intero paese venne gettato nel panico più totale da una dilagante e sconosciuta pandemia virale, denominata Virus Apocalypse. Un'organizzazione internazionale nota come GHQ interviene e ristabilisce l'ordine in Giappone, che ne paga il prezzo con la propria indipendenza. Dopo aver preso le redini del comando sotto legge marziale, la società, forte di un proprio esercito militare, approfitta della situazione nei modi più svariati, arrivando anche a giustiziare civili sul momento dopo averli classificati come infetti. Ouma Shu, studente asociale di diciassette anni, rimane coinvolto in una ribellione contro la GHQ dopo essere entrato casualmente in contatto con Yuzuriha Inori, cantante di un gruppo musicale online chiamato Egoist, di cui il ragazzo è un fan. Inori si rivelerà essere un membro in fuga degli Undertaker, gruppo terroristico che mira all'indipendenza del Giappone. Tsutsugami Gai è il leader e l'anima della resistenza, che per dimostrare la propria mancanza di timore verso l'ordine costituitosi dopo il disastro, arriva anche a mostrare pubblicamente il proprio volto alla nazione durante un ufficiale annuncio dell'esistenza dell'opposizione. Contrariamente alla sua indole poco temeraria, Shu mette a rischio la propria incolumità per salvare Inori dopo che questa viene rapita da un gruppo di perlustrazione della GHQ, portando con sé una misteriosa fiala appartenente alla ragazza. Il piccolo contenitore di vetro nascosto nella sua camicia s'infrange, salvandogli la vita da un proiettile e cambiandogliela per sempre. Al codice genetico di Shu viene aggiunto il "Potere dei Re" derivato dal rarissimo Genoma Void contenuto nella fiala, un potere che gli consente d'estrarre artefatti chiamati Void, spesso offensivi, dal corpo delle persone. I Void subiscono cambiamenti assieme all'ego delle persone e ne sono legati, tanto che maggiore sarà il rapporto stretto con una persona, migliore sarà la padronanza del suo Void. Nonostante la totale inesperienza nell'usare il proprio potere, poiché appena acquisito, Shu riesce a salvarsi assieme ad Inori dal caos generatosi. Essendo l'arma genetica destinata in origine a Gai, il leader degli Undertaker offre al ragazzo di unirsi alla resistenza ma questi rifiuta per non voler intraprendere un percorso troppo grande e rischioso per lui, desiderando soltanto tornare alla tranquilla e sicura vita di sempre. La pace che acquista dura ben poco, verrà presto coinvolto in altre vicende contro la sua volontà, avvicinandosi al gruppo terroristico ed ai misteri che si nascondono dietro la nascita del Lost Christmas ed il Virus Apocalypse.